注意1：氮、磷、鉀總含量超過8%時(shí)與菌混合，會抑制菌的活性。如果氮、磷、鉀總養(yǎng)分大于8%，建議隨用隨混。目前，有些廠家的復(fù)合微生物菌肥中的氮、磷、鉀總養(yǎng)分達(dá)到10%以上，有的甚至達(dá)到25%以上，這對于一般的菌種來說，都會造成菌活性降低甚至造成部分死亡。但如果廠家選用的是耐化肥的菌種，就可以保證菌肥肥效。
注意2：不要將菌肥與殺菌劑、殺蟲劑、除草劑和含硫的化肥(如硫酸鉀等)以及稻草灰混合用。因?yàn)檫@些藥、肥，很容易殺死生物菌�；蛘呦仁┚剩�48小時(shí)后，再打藥除草。若拌種，切忌和已拌好殺菌劑的種子混合使用。還應(yīng)防止與未腐熟的農(nóng)家肥混肥。
注意3：對于已多年施用化肥的田塊，施用生物菌肥時(shí)不能大量減少化肥和有機(jī)肥的施用量，因農(nóng)作物對化肥產(chǎn)生了依賴性，用生物菌肥取代化肥不能一下子適應(yīng)。因此，其取代量應(yīng)做到**、**、第三年分別取代30%、40%和60%，磷、鉀肥只能補(bǔ)足，不能減少。
注意4：在施用方法上，建議采用溝施、窩施的方式，一定要將菌肥蓋在土壤里，避免陽光直射，紫外線會殺死細(xì)菌；此外，不建議沖施微生物菌肥，因?yàn)榧铀♂尯缶簳粵_散，影響施用后的效果。對含硫高的土壤和銹水田，不宜施用生物菌肥，因?yàn)榱蚰軞⑺郎锞�。對于翻漿的水田，一般不用撒施，用噴霧的方法效果會好些。
注意5：高溫過高、過低、干旱條件下的農(nóng)作物田塊不建議施用微生物菌肥。
注意6：選擇微生物菌肥一定要根據(jù)作物進(jìn)行選擇。例如，針對大田作物，如水稻、玉米、小麥等，建議選擇復(fù)合微生物肥料。因?yàn)閺?fù)合微生物肥料中既包含了菌、又包含氮、磷、鉀養(yǎng)分，以及有機(jī)質(zhì)，使用起來更方便；在單獨(dú)使用氮肥、磷肥或鉀肥的地塊，可以配合施用微生物菌劑，起到促生長、抗病抗蟲等作用；針對瓜果蔬菜，建議使用生物有機(jī)肥，改善瓜果蔬菜的口感和品質(zhì)。
